В настоящее время Институт систематики и экологии животных СО РАН - единственный за Уралом академический институт зоологического профиля. Задачей Института является изучение структурно-функциональной организации популяций и сообществ животных как основы их устойчивого существования и эволюции. В соответствии с ней разрабатываются три основных направления:
- изучение биоразнообразия и состояния ресурсов животного мира
- изучение структурно-функциональной организации популяций и сообществ животных и закономерностей их динамики
- разработка методов рационального использования, контроля и охраны ресурсов животного мира
Институт не только сохранил традиционные подходы к изучению животного мира, но и обогатил арсенал зоологических исследований новейшими физиологическими, биохимическими, генетическими и молекулярно-биологическими методами. Большое внимание в Институте уделяется подготовке молодых кадров: он стал центром обучения зоологов высшей квалификации, работающих ныне во многих научных российских и зарубежных центрах.